Le Conseil d'administration de Enabel est composé de douze membres, en ce compris le président qui en est membre de plein droit. Il compte autant de membres d'expression française que d'expression néerlandaise. Les membres du Conseil d'administration sont nommés par le Conseil des Ministres, pour un terme renouvelable de quatre ans, sur la base de leur connaissance de la Coopération internationale ou en matière de gestion.
Le Conseil d'administration a le pouvoir d'accomplir tous les actes nécessaires ou utiles à la réalisation de l'objet social de Enabel. Il définit la stratégie de Enabel sur proposition du Délégué à la gestion journalière et approuve chaque année un plan d’entreprise fixant les objectifs et la stratégie à moyen terme de Enabel.
- Delphine Moralis,Présidente
- Caroline Amrom
- Karla Basselier
- Brigitte Boone
- Alain Coheur
- Farah Dehon
- Nicole de Moor
- Amélie Derbaudrenghien
- Guido Gryseels
- Patrick Itschert
- Louise Ringuet
- Bart Staes
- Heidy Rombouts*
*Heidy Rombouts représente, comme Directeur général de la Coopération au Développement et de l'Aide humanitaire, la Direction générale de la Coopération au Développement et de l'Aide humanitaire du SPF Affaires étrangères, Commerce extérieur et Coopération au Développement au sein du Conseil d'administration de Enabel. Elle ne dispose cependant pas du droit de vote.