Le Conseil d'administration de Enabel est composé de douze membres, en ce compris le président qui en est membre de plein droit. Il compte autant de membres d'expression française que d'expression néerlandaise, autant de femmes que d'hommes. Les membres du Conseil d'administration sont nommés par le Conseil des Ministres, pour un terme renouvelable de quatre ans, sur la base de leur connaissance de la Coopération internationale ou en matière de gestion.
Le Conseil d'administration a le pouvoir d'accomplir tous les actes nécessaires ou utiles à la réalisation de l'objet social de Enabel. Il définit la stratégie de Enabel sur proposition du Délégué à la gestion journalière et approuve chaque année un plan d’entreprise fixant les objectifs et la stratégie à moyen terme de Enabel.
- Hannelore Beerlandt, Présidente
- Xavier De Cuyper
- Brigitte Boone
- Nadia Molenaers
- Martine Van Dooren
- Chris Verhaegen
- Alain Coheur
- Guido Gryseels
- Olivier Lanotte
- Dirk Rochtus
- Guy Rayée*
* Monsieur Guy Rayée, représente, comme Directeur général de la Coopération au Développement et de l'Aide humanitaire, la Direction générale de la Coopération au Développement et de l'Aide humanitaire du SPF Affaires étrangères, Commerce extérieur et Coopération au Développement au sein du Conseil d'administration de Enabel. Il ne dispose cependant pas du droit de vote.